Fue el conflicto más impactante en la historia nacional por sus consecuencias hasta hoy en día. Atacama fue acogiendo a los que emigraban desde Copiapó en busca de yacimientos mineros en 1840, la política Boliviana quería aumentar. La inmigración hacia Antofagasta y fomentar la economía minera así Bolivia exploto el Guano y otros a inversionistas extranjeros. Chile acogió la oportunidad e impulso el desarrollo económico y material. Su principal pionero fue Don José Santos Ossa que exportoel guano y el Salitre. El descubrimiento de nuevos yacimientos revitalizo la economía de la economía, Además los campesinos llegaban a probar suerte a las minas para mejorar sus ingresos de vida. El sur de Perú atrajo a los Chilenos que emigraron a esas tierras, y los peruanos emigraron a la provincia de Tarapacá en un porcentaje del 25% de su población, pero el estado decidió poner agentes consulares en Iquique y Pisagua. Esto provoco en el norte grande acciones diplomáticas y militares de parte de Chile y asumió el resguardode intereses privados y estatales de la economía chilena. La economía despertó a la zona de Atacama y el aumento de su población motivaron al estado a delimitar la fronteracon Bolivia entre los paralelos 23° y 25° lato sur que se firmaron en tratados limítrofes. En 1870 la exportación minera del norte grande fue exitosa. Así igual de los particulares chilenos y bolivianos. Perú impulso la mano de obra, pero la crisis internacional afecto la economía Sudamericana y Perú tomo medidas y estatalizo el Salitre peruanoy afecto gravemente a chile y sus salitreras de la zona y esto paso a expropiación que se hizo por certificados que se pagaron en 1887. En 1879 Bolivia aumento los impuestos en 10 centavos por quintal exportado dejando de lado el acuerdo de 1874. La negativa de la compañía salitrera y Ferrocarril al no aceptar, reacciono Chile ocupando Antofagasta con asistencia militar y así Chile declaro la guerra Bolivia Y Perú. La Guerra del Pacifico (1879- 1883) tiene varias faces, donde Chile impulso estrategias para avanzar hacia sus enemigos.
La revisión y análisis del tratado de 1873 entre Perú y Bolivia, lleva a historiadores peruanos a la conclusión de que el Perú tenía la opción de decidir si este tratado estaba vigente, ya que Bolivia había firmado uno de límites con Chile en 1874 sin consultar al Perú, o si la agresión a Bolivia era real o si el asunto merecía un arbitraje. Esta misma interpretación dice que, a raíz de la penetración de tropas chilenas en territorio boliviano y el poco interés del gobierno de Chile en "una salida diplomática" y a la declaratoria de guerra que le hace el gobierno chileno el
5 de abril, Perú se sintió ligado a Bolivia por el tratado recíproco de defensa y entró, asimismo, en la contienda. Pero ofensivo en el fondo, por lo que considera la mediación de Perú después de la toma de Antofagasta como una forma de ganar tiempo, mientras se realizaban preparativos de guerra.[] Además declara un motivo de más largo alcance para que la guerra terminara en un conflicto entre Chile y Perú, que sería, según esta visión, una enemistad que tendría raíces en la época colonial, exacerbada en la independencia y en la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana. A comienzos de la guerra era evidente que antes de cualquier operación militar en un terreno tan difícil como el desierto de Atacama, debía ganarse el control de los mares. El poder de la escuadra chilena se basaba en las fragatas blindadas gemelas, Cochrane y Blanco Encalada, de 3.560 toneladas, 6 cañones de 250 libras de carga, 2 de 70, y 2 de 40 libras, blindaje de 9 pulgadas, velocidad de 11 millas a su máxima capacidad. El resto de la escuadra estaba formada por las siguientes naves de madera: las corbetas Chacabuco, O’Higgins y Esmeralda, la cañonera Magallanes y la goleta Covadonga. La escuadra peruana basaba su poder en la fragata blindada Independencia y el monitor Huáscar. Bolivia contaba con buques de guerra como el Guardacostas Bolívar. El puerto peruano de Iquique fue bloqueado por parte de la armada chilena. En el Combate naval de Iquique, el 21 de mayo de 1879, el monitor Huáscar, al mando del capitán de navío Miguel Grau Seminario, logró hundir a la corbeta chilena Esmeralda, al mando del capitán de fragata Arturo Prat Chacón, el que, al morir durante el combate, se convierte en el mayor héroe naval chileno. El mismo día, la fragata Independencia se enfrentó con la goleta 'Covadonga, cuyo comandante capitán de corbeta Carlos Condell de la Haza, prefirió evadir el combate bordeando la costa, perseguido por la Independencia que, en su afán de espolonear a la Covadonga, hizo que el blindado peruano encallara en Punta Gruesa. El resultado de ese día en Iquique y Punta Gruesa caló hondo en la opinión pública de ambos países. Los combates navales de Iquique y Punta Gruesa le dieron una victoria táctica al Perú: el bloqueo del puerto de Iquique fue levantado y las naves chilenas fueron hundidas o abandonaron el área.. La pérdida de la fragata blindada Independencia, la mayor nave de la escuadra de la marina de guerra del Perú, r El costo del conflicto en vidas humanas fue alto, sobre todo en lo que se refiere a pérdidas de vidas civiles. Un conteo hace calcular que las bajas estuvieron entre los 14.000 y 23.000 muertos, entre civiles y militares, a lo largo de la guerra.
Las tropas del ejército chileno iniciaron una serie de maniobras militares en las provincias de Tarapacá, Tacna y Arica. Las victorias de Pisagua, Pampa Germania y Dolores, a fines de 1879, aseguraron el dominio chileno sobre el departamento de Tarapacá, así como las de Tacna y Arica en 1880. La batalla de Tarapacá fue una victoria aliada, pero ésta no cambió el curso de los acontecimientos a favor de los aliados, pues Bolivia se retiró de la guerra después de la batalla del Alto de la Alianza en Tacna y Chile siguió luchando contra el Perú. Las fuerzas chilenas establecieron su autoridad y se impusieron cupos de guerra a la población limeña. Se impuso el orden en la ciudad, en las zonas de ocupación, y se restablecieron las actividades. Sin embargo, este orden no evitó la salida de objetos y bienes científicos o culturales, tales como instrumentos, herramientas, mobiliario y libros, algunos de los cuales fueron enviados a Chile, terminando otro tanto en manos de privados de ambos países.
La guerra concluyó oficialmente el 20 de octubre de 1883 con la firma del Tratado de Ancón, mediante el cual el Departamento de Tarapacá pasó a manos chilenas permanentemente y las provincias de Arica y Tacna quedaron bajo administración chilena por un lapso de 10 años, al cabo del cual un plebiscito El Estado de Chile pudo iniciar un proceso de chilenización dirigido a la población de Tacna, Arica y Tarapacá, interviniendo en las organizaciones privadas y públicas de la zona. A inicios del siglo XX, la chilenización se hizo más intensiva y compulsiva, llegando a puntos exacerbados hacia el primer centenario de la Independencia de Chile,[ ]por la actividad de ciertos grupos de población civil chilena, de naturaleza nacionalista, que comenzaron la creación de "ligas patrióticas" con la finalidad de desaparecer los rasgos peruanos de los territorios de Tacna, Tarata, Arica y Tarapacá. La paz entre Chile y Bolivia fue firmada en 1904. Sin embargo, el tratado de paz entre ambas naciones, en el cual Bolivia definitivamente reconocía la permanente soberanía chilena sobre el territorio previamente en disputa, ha sido origen constante de tensiones diplomáticas entre ambos países durante el siglo XX y comienzos del siglo XXI, debido a que Bolivia perdió toda posibilidad de salida soberana al océano Pacífico. Tras su victoria, Chile tomó posesión no sólo de una importante extensión territorial, sino también de enormes depósitos salitreros, guaneros y de cupríferos. Éstos fueron adquiridos mayoritariamente por capitales británicos, por medio de la compra de bonos desvalorizados emitidos antes del conflicto por Perú y adquiridos a bajos precios con préstamos de bancos chilenos, que los hacían dueños de las salitreras. El salitre fue la principal fuente de riqueza de Chile hasta el descubrimiento del salitre sintético por los alemanes, durante la Primera Guerra Mundial. Después de la ocupación chilena de Lima en 1881, el gobierno argentino ordenó alistar el ejército, la compra de un blindado, de material de guerra y la construcción de un línea férrea hasta los Andes como vía de abastecimiento. Con ello ambos países se colocaron al borde de una guerra, aceptando la mediación del gobierno estadounidense. En 1883, Chile quedó en posesión de la Puna de Atacama de 75.000 km², que hasta entonces había pertenecido a Bolivia y la consideró de su propiedad después del Tratado de Tregua de 1884. Sin embargo, diversos tratados y mediaciones entre Bolivia, Argentina y Chile concluyeron en 1889, cuando Argentina renunció a su reclamo sobre Tarija y Chichas reconociéndolas como territorio de Bolivia, y en 1899, cuando 64.000 km² de la Puna de Atacama quedaron para la Argentina y 11.000 km² para Chile.
